Quem já passou por esse problema sabe o quanto é desgastante resolvê-lo.
Existem muitas alternativas para a resolução deste problema, mas o que realmente resolveu o erro de javascript: Sys não está definido do Ajax Control Toolkit foi adicionar uma linha no Web.config.

Depois de muitas tentativas acabei caindo neste blog onde o autor diz que existem diversas razões para o problema. A princípio este problema é causado pois o navegador em questão não acha o Scriptresource.axd chamado no Webform. E a razão para que isso ocorra são várias, como relata Chris Riccio’s.

No meu caso tudo funcionava corretamente no Firefox, entretanto quando tentava rodar a aplicação pelo Internet Explorer sempre era supriendido pela mensagem Sys não está definido ou ‘Sys is not defined’.

O problema era ocasionado porquê o toolkit comprime o arquivo ScriptResource.axd e alguns navegadores não conseguem descomprimir o arquivo em tempo de execução.

A solução foi muito simples, no arquivo Web.config adicione as linhas:

Daí tudo voltou a funcionar corretamente.

Alguns outros blogs também se referem ao problema dizendo que isso ocorre também quando existe algum javascript antes do scriptmanager, alertando que isso deveria ser feito por SRC do arquivo js.

É isso, espero ter ajudado, boa sorte!

ATUALIZADO:
Mesmo assim é possível que de um problema do tipo ‘AjaxControlToolKit’ não está definido. Isso ocorre quando você tem outros javascripts, e ele acaba se perdendo. Troque seu ScriptManager por o ToolKitManager e deixe assim:

onde cc1 é a marca que você criou para o Toolkit.